งบประมาณภายนอกมหาวิทยาลัย เป็นงบประมาณด้านการวิจัยที่อาจารย์หรือนักวิจัยได้รับการจัดสรรงบประมาณโดยตรงจากแหล่งทุนต่าง ๆ ที่เป็นหน่วยงานภายนอกมหาวิทยาลัย โดยที่สถาบันวิจัยและพัฒนาให้การส่งเสริมสนับสนุนในการขอทุนในรูปแบบของการประชาสัมพันธ์แหล่งทุน การทำหนังสือมอบอำนาจ การจัดทำเอกสารประกอบการขอทุน และการส่งข้อเสนอโครงการไปยังหน่วยงานให้ทุน รวมทั้งการให้บริการต่างๆ ตามความต้องการของอาจารย์และนักวิจัย หรืออาจารย์และนักวิจัยที่ได้ดำเนินการแจ้งผ่าน ทางมหาวิทยาลัยเพื่อรับทราบ ทั้งนี้มหาวิทยาลัยสวนดุสิตได้มีระบบและกลไกในการบริหารงบประมาณแผ่นดินด้านการวิจัยตามขั้นตอนดังนี้ คือ
 
(1) พัฒนาข้อเสนอโครงการวิจัยเพื่อขอรับการสนับสนุนงบประมาณ โดยผ่านกระบวนการจัดกิจกรรมคลินิกวิจัยของโครงการเครือข่ายวิจัยภายในมหาวิทยาลัย หรือ SDU Research Club โดยแบ่งออกเป็นกลุ่มตามสาขาอัตลักษณ์และสาขาที่มีความเชี่ยวชาญ เช่น การศึกษาปฐมวัย อาหาร การพยาบาลและสุขภาวะ และอุตสาหกรรมบริการ เป็นต้น เพื่อสร้างความร่วมมือในการทำวิจัยในลักษณะการบูรณาการข้ามศาสตร์สาขา ทั้งนี้ รูปแบบของกิจกรรมจะเน้นที่การให้คำปรึกษาด้านการวิจัยโดยมีผู้ทรงคุณวุฒิที่มีความเชี่ยวชาญในสาขาต่าง ๆ ที่เป็นที่ยอมรับในระดับชาติมาเป็นผู้ให้คำแนะนำเป็นรายโครงการอย่างใกล้ชิด

(2) สถาบันวิจัยและพัฒนาดำเนินการรวบรวมข้อเสนอโครงการวิจัยและจัดส่งไปยังแหล่งทุนในนามมหาวิทยาลัยสวนดุสิต

(3) แจ้งผลการพิจารณางบประมาณสนับสนุนการวิจัยและดำเนินการทำสัญญารับทุนอุดหนุนการวิจัยกับอาจารย์และนักวิจัยภายในมหาวิทยาลัย

(4) ติดตามการเบิกจ่ายงบประมาณและปิดโครงการวิจัย พร้อมทั้งกำกับติดตามการนำงานวิจัยไปใช้ประโยชน์ในด้านต่างภายหลังปิดโครงการวิจัยตามเงื่อนไขแนบท้ายสัญญา

ทุนวิจัยภายนอก

สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) หรือ สวก.

ศูนย์วิจัยและจัดการความรู้เพื่อการควบคุมยาสูบ (ศจย.) คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล

มูลนิธิโทเรเพื่อการส่งเสริมวิทยาศาสตร์ ประเทศไทย (TTSF)